研究人员已经开发出一种新的基因组技术，可以同时追踪医院内多种超级细菌的传播，这有助于比以往更快、更有效地预防和管理常见的医院感染。
Wellcome Sanger研究所、奥斯陆大学、意大利的funddazione IRCCS Policlinico San Matteo及其合作者进行了概念验证研究，详细介绍了一种新的深度测序方法，该方法可以一次捕获医院中所有常见的感染性细菌。目前的方法是分别培养和测序所有病原体，这需要更长的时间和更多的工作。
这项研究于今天(8月20日)发表在《柳叶刀微生物》杂志上，研究了2020年COVID-19大流行第一波期间在多家医院重症监护病房和普通病房发现的全部致病菌。研究人员可以看到病人身上的细菌类型，包括医院里发现的任何众所周知的耐抗生素病原体。
他们发现，在研究中测试的每个ICU患者都至少有一种这种耐药细菌定植，而大多数患者同时有几种细菌定植。
研究人员认为，他们的方法可以与现有的医院临床监测系统相结合。由于耐药性在医院和其他临床环境中是一个普遍存在的问题，该系统可以同时识别、跟踪和限制常见的多重耐药细菌的传播。
细菌通常存在于体内或体表，不会造成伤害，这被称为定植。然而，如果某些菌株由于免疫系统减弱而进入血液，它们可能导致严重和危及生命的感染，除非它们可以用抗生素有效地治疗。
作为对医疗保健提供者的额外挑战，其中一些细菌具有抗生素耐药性(AMR)。AMR细菌引起的感染是医院的一个主要问题，预计到2050年，这些耐药细菌造成的死亡人数将超过癌症。虽然一些医院会在病人到达医院时检测抗菌素耐药性细菌，但没有一个系统能有效追踪整个医院的所有耐多药细菌。
在过去15年中，基因组监测已成为跟踪病原体进化和传播的有力工具，为帮助管理疾病传播提供了重要见解。
然而，目前的方法是每次在样本中培养一株细菌，然后分别对所有细菌进行全基因组测序。这是一个劳动密集型的过程，很容易需要几天的时间，而且只能提供样本中发现的所有临床相关细菌的部分快照。
在这项来自奥斯陆大学威康桑格研究所、意大利圣马特奥基金会和合作者的新研究中，研究小组开发了一种新方法，可以一次捕获多种病原体的全基因组测序数据。这被称为“泛病原体”深度测序方法，可以像医院处理样本一样快速提供基因组数据。
研究小组从意大利一家医院的256名患者身上采集了样本，捕获了肠道、上呼吸道和肺部的细菌。2418份DNA样本可能与52种细菌有关。其中66%(2148例)是由医院里最常见的7种细菌感染的不同菌株组成的。
他们发现，重症监护室的患者至少有一种细菌定植，这些细菌随时都有可能导致严重疾病，而且临床上重要的抗菌素耐药性基因至少存在于40%的细菌中。
该团队有效地绘制了医院细菌在5周采样时间内的传播情况，使他们能够预测哪些细菌最有可能出现在医院获得的感染中。
来自威康桑格研究所和奥斯陆大学的联合资深作者Jukka Corander教授说:“我们的方法同时捕获多种细菌菌株的遗传信息，有可能改变病原体的基因组监测，使我们能够比以往更快、更全面地捕获重要信息，而不会失去分辨率。”通过我们的概念验证研究，这种方法现在可以自信地用于未来的研究，以捕获一个地区高风险细菌的全部范围，并希望医院帮助跟踪和限制耐药细菌的传播。”
来自奥斯陆大学的第一作者、惠康桑格研究所的访问工作者哈里·索普博士说:“我们的研究是一个例子，说明我们如何利用基因组学的力量来全面了解重症监护病房和医院其他地方的抗生素耐药性细菌。”耐抗生素细菌的进化和传播速度很快，因此我们的追踪方法必须跟上它们的步伐。了解样本中所有细菌的序列，可以更全面地了解一个地区的多样性，这对于预测风险和了解特定菌株传播所涉及的外部因素至关重要。”
圣马泰奥基金会微生物学和病毒学部门主任Fausto Baldanti教授说:“我们的部门在西方世界发现了第一例COVID-19病例，我们见证了大流行的曙光，以及全球对SARS-COV2的巨大科学努力。然而，我们研究人员的研究表明，超级细菌并没有消失。事实上，在那些戏剧性的日子里，在收治COVID-19患者的ICU病房中同时存在多种耐药细菌，可能是这种新疾病临床表现的一个相关组成部分。”
来自威康桑格研究所的资深作者之一尼古拉斯·汤姆森教授说:“抗生素耐药性感染是医院里一个持续存在的问题，尽管医疗保健专业人员努力将这些感染最小化，但很难与你看不见的东西作斗争。”以这种方式将深度基因组测序方法整合到卫生保健系统中，为医院工作人员提供了观察和跟踪这些细菌的新机会，有助于诊断感染，并使疫情得到识别和控制。整合这一方法有助于制定和改进指导方针，以评估和管理医院所有患者，特别是重症监护病房患者的治疗耐药感染风险。”
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希望本篇文章《新技术提升医院细菌追踪能力》能对你有所帮助！
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